MPI在Linux下的配置总结
hpujsj 2010-07-05
网上有一篇文章写得很好，照着配置一直有问题，现在终于弄好了。把遇到的问题记录下来！
此文是由Linux菜鸟 + mpi初学者原创，不对的地方请见指教！
在安装之前，先要把 节点 配置好！
1.在每台机器上配置hosts
打开 /etc/hosts
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost 下面
加入
192.168.1.100 Ubuntu2
192.168.1.101 ubuntu
ubuntu, ubuntu2 是计算机名字，通过命令 uname -n可以看到，最好每个节点起不同的名字。然后把 ip machinename写入就行了。
2.配置ssh
mpi 要求主机能无密码登录所有子机，按照网上的方法来就行了，
在主机上：
先 ssh-keygen －t rsa 得到 id_rsa 和 id_rsa.pub
默认保存在 $HOME/.ssh/ 里，把 id_rsa.pub 复制一份叫authorized_keys。把$HOME/.ssh/ 所有的文件，复制到子机上用。
其实，这一步主要是把authorized_keys复制过去，让 id_rsa 能开启 id_rsa.pub 的锁。
主机ssh 所有子机2次。
如果第2次还要求输入密码，那么 ssh-agent 没开启或者id_rsa没有加入。
或者出现这个错误：Could not open a connection to your authentication agent
请：
ssh-agent bash
ssh-add id_rsa
期间如果遇到问题，重新做了一编，可能会遇到 ssh 说目标的密码更改，不让登录等等这样的问题，因为ssh记录了登录的情况，并放到了 $HOME/.ssh/known_hosts 里。把这个文件删除，或者 ssh-keygen -R，清除已知 ssh 就行了。
3.安装MPI
关于安装最好参照下载下来源码里的README。最好使用源码编译，所有机器的MPI最好是同一个版本，用同一种方法安装，安装在同一个地方！
以下几步在所有机器上分别进行。
最简单的是
./configure
make
make install
就行了
非默认安装得改以下PATH。
然后得在 $HOME/ 建个 .mpd.conf 的文件
填入：
MPD_SECRETWORD=xxxx
xxxx为mpd 的密码。
为这个文件加入权限：
chmod 600 .mpd.conf
用 ls -l .mpd.conf 可以看这个文件的权限，应该显示你的用户名。
如果发现显示是 root 那肯定是你用 sudo 建的，重新建个就行了。
mpd想要启动还得有个 mpd.hosts ，也放在 $HOME/
里面写入你所拥有的节点的计算机名字。
比如：
ubuntu, ubuntu2
4.检查和测试
做到这一步，基本就完成了。
mpd -n 2
如果成功，那太好了。写一个最简单的mpi程序，或者用examples里的 cpi测试，
mpiexec -n 2 cpi
然后就可以出现3.1415.......。
但是很有可能出现这个错误：
mpdboot_ubuntu (handle_mpd_output 420): from mpd on ubuntu2, invalid port info:
no_port
大部分原因都是ssh配置得不对，子机没有开机，子机和主机MPI安装的位置不一样，都会出现这个错误！
用 mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
来检查错误。
我就因为主机是编译安装，子机是用deb包装的，而位置不一致运行mpdboot -n 2时总报错。
5.最后的一招
如果 mpdboot 总是失败，那么只有手动启动各个节点的mpd了。
在主机上先启动mpd： mpd&
然后mpdtrace -l
可以看到 ubuntu_45131 (192.168.1.101) 这样的字样。
这个45131就是主机mpd的端口
在子机上这样做
mpd -h ubuntu -p 45131
主机这时再mpdtrace 应该也可以看到子机也加入mpd环了。
6.关于mpiexec
mpiexec -n 后面的这个参数，网上有的说是机器数，显然不是，这个是要启动的进程数，至于怎么分配，我也没弄明白。
比如你有两台机器 mpiexec -n 4 cpi 那每台运行两个 cpi 的进程。
mpdboot -n 2 这个2是两个机器，而且不能超过在mpd.hosts里定义过的机器数量。
